学校设有基础医学院、人文信息管理学院、临床医学院、药学院、检验医学院、护理学院、医学影像系、生物医学系、公共卫生系、心理学系、思想政治理论课教学部等6院4系1部共11个教学单位。开设临床医学、预防医学、医学影像学、麻醉学、护理学、医学检验、药学、药物制剂、应用心理学、生物技术、公共管理学、信息系统与信息管理、五年制临床医学(免费全科医师)等13个本科专业，医学检验技术、药学、护理学招3个专科专业。“药学专业”、“护理学专业”、“检验医学专业”为四川省高校本科特色专业。
经过近几年的建设，已建成有国家中医药二级实验室3个，四川省哲学社会科学重点研究基地1个，四川省重点实验室1个，省级实验教学示范中心2个，中央与地方共建优势特色学科实验室4个，附属医院8所(含非直管附属医院)。学校拥有一支高水平的教师队伍。其中副高以上职称教师达30%，享受国务院政府特殊津贴、省级教学名师、学术和技术带头人/后备人选等各类专家17名。被四川大学、第三军医大学、重庆医科大学等高校聘为博士生、硕士生指导教师37名。有四川省教学名师3人。学校被评为四川省“十五”教师队伍建设先进单位。
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